Исамутдинов был задержан в сентябре 2018 года. Напомним, что это был период кампании по декриминализации республики, инициированной занимавшим тогда пост главы РД Владимиром Васильевым. По итогам проверки, проведенной Генпрокуратурой в начале 2018 года, были начаты масштабные расследования хищений бюджетных средств, выделенных на реконструкцию и строительство социальных объектов.
В рамках этой кампании были осуждены бывший министр образования Шахабас Шахов, премьер-министр республики Абдусамад Гамидов, его заместители Шамиль Исаев и Раюдин Юсуфов. Дело в отношении Дагира Исамутдинова было передано в суд в июне 2021 года.
Как сообщила руководитель пресс-службы Верховного суда РД Зарема Мамаева, Д. Исамутдинов, работая директором Республиканского центра социально-трудовой адаптации и профориентации, незаконно оформил в 2007 году разрешения для себя и своего знакомого на строительство в Карабудахкентском районе республики домов отдыха. Участок площадью 5,6 га на берегу Каспийского моря был передан центру в постоянное пользование для строительства оздоровительной базы для детей-сирот и инвалидов. Однако в мае 2011-го земли были незаконно разделены на три участка для оформления их в долгосрочную аренду.
В 2014 году Исамутдинов, уже занимая должность замминистра образования и науки и по совместительству продолжая руководить Центром адаптации и профориентации, с помощью своих подчиненных подготовил сводный проект бюджета министерства, в который включил заведомо ложные сведения о необходимости финансирования работ по капремонту базы «Надежда» на общую сумму более 132 млн руб. Фактически же эти работы уже были выполнены и профинансированы годом ранее. Чтобы отмыть похищенные средства, Исамутдинов через подконтрольные ему компании организовал перечисление выделенных денег на счета определенных организаций.
Советский районный суд Махачкалы счел вину подсудимого в инкриминируемых ему преступлениях доказанной и приговорил бывшего чиновника к четырем с половиной годам колонии общего режима.
